اهداف و وظایف سازمان گمرک جمهوری اسلامی ایران به شرح زیر است.
ماده ۲
گمرک جمهوری اسلامی ایران سازمانی دولتی تابع وزارت امور اقتصادی و دارایی است که به‌عنوان مرزبان اقتصادی کشور نقش محوری و هماهنگ کننده را در مبادی ورودی و خروجی کشور دارد و مسئول اعمال حاکمیت دولت در اجرای قانون امور گمرکی و سایر قوانین و مقررات مربوط به صادرات و واردات و عبور ( ترانزیت ) کالا و وصول حقوق ورودی و عوارض گمرکی و مالیات ها ی مربوطه و الزامات فنی و تسهیل تجارت است.
گمرک جمهوری اسلامی ایران برای انجام اهداف و وظایف قانونی خود، سطوح واحدهای اجرائی مورد نیاز را بدون رعایت ضوابط و تقسیمات کشوری و ماده (۳۰) قانون مدیریت خدمات کشوری، متناسب با حجم و نوع فعالیت ها تعیین می‌نماید. تشکیلات گمرک و واحدهای اجرائی متـناسب با وظایف و مأموریت های محوله توسط گمرک جمهوری اسلامی ایران تهیه می‌شـود و پس از تأیید وزیر امور اقتصادی و دارایی به تصـویب هیئت وزیران می‌رسد. ( گمرک جمهوری اسـلامی ایران شامل ستاد مرکزی گمرک ایران و گمرک های اجرائی است. )
ماده ۳
اهداف و وظایف و اختیارات سازمان گمرک جمهوری اسلامی ایران به شرح زیر است.
الف) اعمال سیاست های دولت در زمینه صادرات و واردات و عبور کالا
ب) تشخیص و وصول حقوق ورودی و سایر وجوه قابل وصول قانونی توسط گمرک ایران
پ) انجام تشریفات قانونی ترخیص و تحویل کالا به صاحب یا نماینده قانونی وی و بررسی اسناد ترخیص به منظور احراز صحت شرایط ترخیص و وصول کسر دریافتی یا استرداد اضافه دریافتی
ت) کنترل و نظارت بر امر عبور کالا از قلمرو کشور
ث) اجرای قوانین و مقررات مرتبط با بازارچه‌های مرزی، مرزنشینان و پیله وران ( کارت مرزنشینی )
ج) اعمال مقررات گمرکی درباره معافیت ها و ممنوعیت ها در بخش های صادرات قطعی ، صادرات موقت ، واردات قطعی ، واردات موقت ، کران بری ( کابوتاژ )، عبور داخلی کالا ، انتقالی ، معاملات پایاپای مرزی، فروشگاه های آزاد، بسته‌ها و پیک های سیاسی و پست بین‌الملل
چ) اجرای قوانین و مقررات مربوط به تخلفات و قاچاق گمرکی، کالاهای متروکه و ضبطی
ح) پیش‌بینی و فراهم نمودن زیرساخت های مورد نیاز برای اجراء و استقرار سامانه‌ها، رویه‌ها و روش های نوین همچون پنجره واحد در فعالیت های گمرکی
خ) جمع‌آوری، تجزیه و تحلیل و انتشار آمار میزان واردات و صادرات کالا
د) بررسی و شناخت موانع نظام گمرکی و برنامه‌ریزی درجهت رفع آن ها
ذ) اظهارنظر درباره پیش‌نویس طرح ها، لوایح، تصویب نامه‌های مرتبط با امور گمرکی
ر) اتخاذ روش های مناسب جهت هدایت و راهبری دعاوی حقوقی و قضائی در رابطه با اهداف و وظایف گمرک
ز) آموزش کارکنان و نظارت و انجام بازرسی اعمال و رفتار کارکنان گمرک ، کشف تخلف و تقصیرات اداری آنان
ژ) بازرسی از واحدهای اجرایی گمرکی و نظارت برعملکرد آن ها و ساماندهی کمی و کیفی مبادی ورودی و خروجی
س) رسیدگی و حل اختلافات ناشی از اجرای قانون و مقررات گمرکی فی مابین گمرک و صاحب کالا برابر قوانین و مقررات مربوطه
ش) گسترش ارتباطات بین المللی، انعقاد تفاهم نامه و موافقت نامه‌های گمرکی دو یا چند جانبه، عضویت و تعامل فعال با سازمان های بین المللی و گمرکی با رعایت اصل هفتاد و هفتم (۷۷) قانون اساسی و قوانین مربوطه
ص) رعایت توصیه‌های سازمان جهانی گمرک، قراردادهای بازرگانی و توافق نامه‌های منعقده یا پایاپای در چهارچوب قوانین و مقررات مربوطه
ض) رعایت مفاد قانون اجرای سیاست های کلی اصل چهل و چهارم (۴۴) قانون اساسی به منظور واگذاری امور غیرحاکمیتی گمرکی به بخش های خصوصی و تعاونی
ط) استفاده از فناوری های نوین و تجهیز اماکن گمرکی به ابزارهای پیشرفته جهت افزایش کارایی و بهبود انجام تشریفات گمرکی
ظ) تمهیدات لازم برای تسهیل امور تجاری، تشویق صادرات و گسترش عبور کالا
ع) تسهیل فرآیندهای گمرکی با هدف توسعه گردشگری
غ) انجام سایر اهداف و وظایف گمرک به موجب این قانون و یا سایر قوانین و مقررات
ماده ۴
الف) رئیس کل گمرک ایران از سوی وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب می‌شود و به عنوان بالاترین مقام اجرائی گمرک در چهارچوب قوانین و مقررات قانونی مربوطه، اداره امور گمرک، پیشنهاد تشکیلات و بودجه، استخدام، عزل و نصب کارمندان، نقل و انتقال آنان از واحدی به واحد دیگر، نمایندگی گمرک در کلیه مراجع قانونی و حقوقی با حق توکیل به غیر و ارجاع به داوری در موارد لزوم و اعمال نظارت برحسن اجرای وظایف محوله به گمرک را زیر نظر وزیر امور اقتصادی و دارایی برعهده دارد. همچنین وی هم‌تراز مقام های موضوع بند (د) ماده (۷۱) قانون مدیریت خدمات کشوری است.
ب) معاونان گمرک بنا به پیشنهاد رئیس کل گمرک ایران و تأیید وزیر امور اقتصادی و دارایی با حکم رئیس کل گمرک ایران منصوب می شوند.
پ) کارکنان گمرک از نظر مقررات استخدامی مشمول قانون مدیریت خدمات کشوری و اصلاحات بعدی آن می‌باشند و با عنایت به ویژگی های خاص و اهمیت و مسئولیت های مشاغل گمرک و تأثیر آن بر وصول درآمدها، از امتیاز جداول حق شغل موضوع ماده (۶۵) قانون مذکور باضریب(۲ / ۱) برخوردارند.
یکی از اهداف و وظایف سازمان گمرک جمهوری اسلامی ایران این است که، این سازمان می‌تواند برای تأمین نیروی انسانی واحدهای اجرائی نسبت به جا به جایی نیروهای انسانی با توجه به مدارک تحصیلی و تجارب و تخصص آنان برای تصدی پست های سازمانی اقدام نماید. بار مالی اضافی ناشی از اجرای این قانون از محل درآمدهای حاصل از این قانون تأمین می گردد.
